Лечението на фетална токсоплазмоза зависи от стадията на бременността и тежестта на инфекцията:
Бременни жени без фетална инфекция: Спирамицин се използва често през ранната бременност (под 18 седмици) за помощ при превенция на предаване на фетура.
Бременни жени с фетална инфекция: Пириметамин с сулфадиазин и фолинова киселина се използва за лечение на конгенитална токсоплазмоза, типично за 4–6 месеца или по-дълго.
Новородени бебета: Същата комбинирана терапия се започва след раждането и продължава за 12 месеца или по-дълго, въз основа на тежест и отговор.
Редовният мониторинг е съществен за оценка на ефективността и проследяване на развитието на бебето.