Нелекувана канализация: Неадекватната санитарна инфраструктура в общностите около езерото Виктория води до сурова или частично обработена канализация, влизаща във водите на езерото.
Земеделски балотаж: Прекомерното използване на торове и пестициди в близките селскостопански дейности представлява заплаха за качеството на водата на езерото. Оттокът вкарва замърсители, включително нитрати, фосфати и пестициди, в езерото, което води до еутрофикация и вредни цъфтежи на водорасли.
Urban Bunoff: Неуправляемият градски отток, носещ боклук, химикали и замърсители, намира своя път в езерото по време на валежи, като допълнително компрометира качеството на водата.
Промишлени изхвърляния: Промишлеността, разположена около отпадъчните води от езерото, съдържащи потенциално вредни химикали и тежки метали в езерото.
Риболовни практики: Незаконните риболовни практики допринасят за намаляването на качеството на водата чрез нарушаване на местообитанията и нарушаване на екологичния баланс на езерото.
Водата на езерото Виктория може да бъде безопасна за пиене чрез правилни процеси на лечение като филтрация, дезинфекция и пречистване. Врящата вода преди консумацията също е често срещан метод за безопасно пиене в райони около езерото. Общностите и институциите, които работят за повишаване на осведомеността и справяне с тези проблеми с качеството на водата, играят решаваща роля за подобряване на качеството и здравето на езерото.