Районът на Великите езера е дом на хиляди видове и голям обхват на екосистеми. Много видове просперират, макар че няколко са считати за застрашени. Онези видове с много специфични изисквания за'habitat са уязвими на промени, както и по-големите бозайници, които исторически са ловени като вредители и все още не са възстановили популациите си.
Бозайници
Исторически сивият вълк беше изброен като застрашен в района на Великите езера, но към края на 2010 г. беше премахнат от списъка. Трите вида бозайници, в момента изброени като застрашени, са всички прилепи. Те са пострадали спад на популацията поради бялноносен синдром. Индианският, сивият и Озаркският голямоушен прилеп са всички под риск от бял гъба, която е убила повече от един милион прилепи от 2006 г. Други фактори, които са повлияли на броя на прилепите, са загуба на habitat и безпокойство при зимуване от хора.
Птици
Районът на Великите езера е дом на четири вида птици, които се появяват в федералния списък на застрашените. Във следствие на загуба на habitat, предизвикана от бариериране на реките, най-малкият черен הוק е загубил голяма част от habitat-а си. Човешката намеса в habitat-а ѝ е повлияла на Уорблер на Кертланд. Увеличаване на плажното развитие и рекреация около бреговете на Великите езера са повлияли на гнездоването на канатник. Най-високата птица в Северна Америка, жеравът, също е застрашена в района поради загуба на habitat и лов.
Пресмыкащи се
По април 2011 г., нито един вид пресмыкащи се не е изброен като застрашен в региона, но три са наблюдавани и разглеждани за списъка. Във следствие на дреениране на блата и изрязване на гори, медиената водна змия и водната змия от Ерие езеро са изброени като уязвими в района. Загубата на habitat и липсата на горско покритие са оставили змията по-изложена на хищници. Отровната източна масасауга змия е изброена като уязвима или застрашена във всеки щат, в който се намира. Загуба на habitat и намерено убиване от хора имат огромно въздействие върху вида. И двата вида могат да станат застрашени в всеки момент.
Риби
Районът на Великите езера е дом на три вида застрашени риби. Бледният стерляд е загубил голяма част от речния си habitat поради бариериране на водните пътища. Той не е приспособен за преживяване в езерни habitat и така е пострадал спад на популацията. Scioto madtom е изброен като застрашен, макар че може вече да е изчезнал; са видени само 18 ексемпляри и нито един не е регистриран от 1957 г. Топека шайнер е малка риба, намерена в потоци, която е намаляла предимно поради пренасочване за иригация на култури и въвеждане на хищни риби в техния habitat.