Масачусе츠 е относително малък щат, все пак все още има обширни райони от естествен биотоп, които поддържат множество растителни и животни видове. Той е дом на 31 застрашен животен вид, с допълнителни 15, посочени като застрашени. Тези видове често са били повлияни от екологични и биотопни промени, и в някои случаи ловът е изтощил техните числа.
Птици и бозайници
Масачусе츠 е дом на 12 застрашени птици вида и още 6, които са застрашени. Сред застрашените видове са лъв орел, сокол сокол, американски битърн, планински пипърник и късоушен бухал. Застрашените видове на щата включват дългоушен бухал, кралски рел, северен хариер и вечерна жабичка. Само един от наземните бозайници на щата е в момента застрашен, индиански миотис прилеп, който поради наводняване на пещерни гнезда и човешка намеса е преживял сериозно спадане на популацията.
Риби
Щатът е дом на четири застрашени риби вида, две от които живеят предимно в океана, но използват водните пътища на Масачусе츠 за размножаване. Кратконосният и Атлантическият естуржони се размножават в реките на щата и са засегнати от бариерирането на тези водотоки. Другите две застрашени риби са езерен чуб и червенобузен дъсец, и двата са засегнати от замърсяване и пренасочване на потоци за земеделие. Американски рудокоп и тришпин стъкълбак са и двата застрашени в щата.
Пресмявщи се и земноводни
В Масачусе츠 два вида жолудници са застрашени: блатен и северен червеночервен кютер. Бландинг жолудник и диамантно-гърбат террапин са и двата посочени като застрашени. Три от видовете змии на щата са застрашени, две от които са отровни. Меднок glavata и 팀бър ретълснейк са застрашени, както и неотровният източен рътснейк. Източния червей змия е посочен като застрашен в щата. Повечето от земноводните видове на Масачусе츠 са сигурни, освен мраморения саламандър и източният лопатостен роб, които и двата са застрашени.
Океански видове
Въпреки че не са годишно излитни жители, девет океански вида са защитени по закон в щата и са посочени като застрашени. Шест вида китове, които мигрират през крайбрежните води на щата, са защитени: кашалов, фин, сей, син, гърбат и северен прави кит. Три вида морски жолудници също са защитени според държавното законодателство. Те са хоксбил, Кемпс ридли и кожиста жолудник. Логърхед и зелена морска жолудник са застрашени в крайбрежните води на щата.