1. Загуба на енергия: Тъй като енергията се предава нагоре по хранителната верига, част от нея се губи като топлина. Това означава, че има по-малко налична енергия за организми на по-високи трофични нива. В резултат на това има по-малко организми на всяко следващо трофично ниво и хранителната верига става по-къса.
2. Конкуренция: Организмите на всяко трофично ниво се конкурират помежду си за ресурси като храна и пространство. Тази конкуренция може да ограничи броя на организмите, които могат да оцелеят на всяко трофично ниво, и може също да доведе до изчезването на някои видове.
3. Хищничество: Организми на по-високи трофични нива често са жертва на организми на по-ниски трофични нива. Това може да ограничи броя на организмите, които могат да достигнат по-високи трофични нива, и може също да доведе до изчезването на някои видове.
4. Фактори на околната среда: Фактори на околната среда като изменение на климата, замърсяване и унищожаване на местообитания могат да повлияят на дължината на хранителните вериги. Тези фактори могат да нарушат потока на енергия и хранителни вещества през хранителните вериги и могат да доведат до изчезването на някои видове.
В резултат на тези фактори хранителните вериги обикновено са къси, само с няколко трофични нива. Това означава, че има относително малко организми на върха на хранителната верига и че тези организми често са уязвими към изчезване.