Йонското море поддържа разнообразен морски живот. Пелагични видове включват тон, меч-риба, скъмбрия и паламут. Демерсални видове включват круп, сноп, морска бравница и гобий. Цефалоподи като октопус и калмари са чести, заедно с акули и риба-клъсти. Опазването е важно, тъй като много популации се сблъскват с заплахи от прекомерен риболов и загуба на биотоп.