Окунь (Perch)
Някои отглеждачи могат да изберат да отглеждат окунь в техната аквапонична система. Има множество типове за избор за аквапоника, като нефрит, златен и сребърен окунь. Окуньът е част от семейството перцихитидае и варира в цвят от светло сребърно, кафяво или тъмно зелено. Някои окуни имат бели и жълти марки на корема. Окунь достига до 760 мм дължина.
Тилапия (Tilapia)
Тилапия е вид риба, отглеждана в аквапонична система. Този вид риба устои на множество болести, паразити и се приспособява добре към промените на водните температури и качество. Въпреки това,тилапиите процъфтяват в температури, вариращи от 60 до 80°F (15-27°C). Типично,тилапиите израстват до зрелост по-бързо от други риби, тегло около 1.1 кг за седем месеца. Самките се размножават лесно и имат потомство на всеки четири до шест седмици, което може да доведе до изобилство от риби в аквапоничната система.
Миниатюризиран карп (Miniaturized Carp)
Миниатюризираните карпове са друг вид риба, който може да устои на широк обхват от водни температури и условия в аквапонична система. Домашненът кой е по-малък карп с ярки цветове. Койте са вкусни за ядене, но тези риби са в голяма степен орнаментални. Златна рибка, друг вид миниатюризиран карп, е също орнаментална. Обикновено отглеждачите продават и двата вида риби на зоомагазини и физически лица.
Форел (Trout)
Друг добре подходящ вид за аквапонични системи е форел. Някои видове форел включват кафява, дъговидна и поточна форел. Форелът може да устои на по-ладни температури, вариращи от 70 до 75°F (21-24°C). Отглеждачи, които живеят по-студени климати, могат да изберат форел през зимните месеци за отглеждане в аквапонична система.