Паразитите са организми, живеещи на или в друг живот. При риби те са вредни за здравето и може да скъсят живота. Много паразити могат да живеят в пресноводни аквариуми. Филтрите помагат за циркулация и накисване, но собствениците трябва да внимават при поставяне на болесни риби, за да не разпръснат паразити. Според Университета на Флорида, протозоите са водещите паразити при пресноводни риби.
Гиродактилус (Gyrodactylus)
Често срещан в пресноводни аквариуми (по Fish Site). Живее в слизистите на жабите до 5 дни. Кръвта и кожата са в риск от разграждане след инфекция. Клъстерите се размножават бързо, замърсявайки водата и разпространявайки здравословни проблеми.
Триходина (Trichodina)
Друг паразит в пресноводни аквариуми (по Reefs). Кръгъл микроорганизъм, процъфтява при нисък pH. Прилепва се за чешуите и кожата, причинява неврологични проблеми – неестествено изгъване на перките. Размножават се бързо (Университет на Флорида).
Удиниум пилуларис (Oodinium pillularis)
Могат да бъдат голям проблем (по Reefs). Прилепват се за жабите, щетаят на белите дробове – рибата диша тежко. При растеж се отделят и тонат, клетките се размножават бързо. Проблеми често при стрес след преместване между аквариуми (Aquatic Community).