Качеството на водата има профундно въздействие върху рибното стопанство. Ключови параметри са разтворен кислород, температура, pH, соленост и присъствието на токсини или патогени. Лошо качество на водата води до болести, бавно растеж и по висока смъртност. Фермерите управляват тези фактори чрез мониторинг, филтрация, аерация и редовна смяна на водата.