Като е описано от американското геологическо изследване, водната екосистема е общност от „взаимозависими организми, които живят преимуществено в или на вода“. Водни екосистеми могат да бъдат намерени в всяко водно тяло, включително реки, езера, jezера, влажни зони и дори лъжа.
Пресноводни водни екосистеми
Според Environment Canada, пресноводните водни екосистеми могат да включват езера, jezера, реки, потоци и сезонни пресноводни влажни зони. Организмите, които формират общност в пресноводна екосистема, могат да включват микроскопични живи форми като бактерии и протозоа, свободно плаващи растения и водорасли, риби, трева, насекоми, пресмивачи и птици.
Солени водни екосистеми
Примери за солени екосистеми са океани, морори и солени блата. Д-р Елизабет Уенър от Института за изследване на морските ресурси описва солените блата като зони, където океаните срещат пресноводни тела. Океанските вливания и отливи носят солена вода в блатните зони на повтаряща се основа. Уенър казва, че различните зони в солено блато ще поддържат различни растения и животни в зависимост от салинността и нивата на водата.
Необичайни водни екосистеми
Според Environment Canada, живи организми са открити да съществуват в термални извори, където водата е близо до кипваща точка. EC също казва, че малки червеи живеят в студените юконски ледови полета, и че замърсената вода може да притежава популации от бактерии.