Заболяване: Чернокракият пор е податлив на няколко болести, включително чума по леса, кучешка чума и туларемия. Тези заболявания могат да се разпространят бързо в колониите на прерийните кучета, унищожавайки популациите на чернокраки порове.
Инбридинг: Чернокракият пор има малък размер на популацията, което го прави по-податлив на ефектите от инбридинга. Инбридингът може да доведе до загуба на генетично разнообразие, което може да направи населението по-уязвимо към болести и други заплахи.
Хищничество: Чернокраките порове са плячка на различни хищници, включително койоти, ястреби и сови. С намаляването на популацията на чернокраките порове намалява и броят на хищниците, които разчитат на тях за храна. Това може да доведе до увеличаване на популациите на хищници, което може допълнително да застраши чернокраките порове.
Промяна на климата: Прогнозите са, че изменението на климата ще окаже значително въздействие върху чернокракия пор и неговото местообитание. Със затоплянето на климата се очаква колониите на прерийните кучета да намалеят, което ще намали количеството подслон, храна и места за размножаване, достъпни за чернокраките порове.