Седловите кукувички са заплашени от загуба и фрагментация на местообитание, тъй като седлови ливади и влажни ниви изчезват поради земеделие и развитие. Пестициди ги убиват и техните инсектови източници на храна. Климатичните промени нарушават времето за размножаване, а хищници на гнезда като змии и гъщери вземат яйца и млади, особено во фрагментирани местообитания.