Черните паяк-маймуни седят близо до върха на своята тропическа хранителна верига, но те имат някои хищници.
Големи котки като ягуари и пуми могат да ги прехранват, особено ако маймуните са уязвими. Големи змии като андаконди може да заплашат младите маймуни, и мощните хърпийски орли са способни да улавят възрастни, макар и рядко.
Най-голямата заплаха, обаче, идва от хората чрез лов, изсечване на горите и загуба на домакинство. Паяк-маймуните разчитат на ловкостта и груповото живот за избягване на повечето естествени хищници.