* Кожа: Кожата е дом на различни микроорганизми, включително бактерии, гъбички и вируси. Тези микроби помагат за защита на кожата от инфекция и увреждане, а също така играят роля в регулирането на температурата и нивата на влажност на кожата.
* Дихателни пътища: Дихателните пътища са облицовани със слуз, която улавя микроорганизмите и не им позволява да навлязат в белите дробове. Някои микроорганизми обаче все още могат да преминат през слузта и да причинят инфекции, като пневмония и бронхит.
* Храносмилателен тракт: Храносмилателният тракт е дом на голям брой микроорганизми, включително бактерии, гъбички и протозои. Тези микроби помагат за смилането на храната, усвояването на хранителни вещества и производството на витамини. Те също играят роля в защитата на храносмилателния тракт от инфекции.
* Урогенитален тракт: Урогениталния тракт е дом на различни микроорганизми, включително бактерии, гъбички и вируси. Тези микроби могат да причинят инфекции, като инфекции на пикочните пътища и болести, предавани по полов път.
* Кръв: Кръвта обикновено е стерилна, но може да се зарази с микроорганизми, ако има счупване на кожата или ако се извърши медицинска процедура.
При говеда:
* Румен: Търбухът е голям, подобен на торба орган в стомаха на кравата. Той е дом на голяма популация от микроорганизми, включително бактерии, гъбички и протозои. Тези микроби помагат за разграждането на растителния материал и превръщането му в хранителни вещества, които кравата може да абсорбира.
* Ретикулум: Ретикулумът е малък орган, подобен на пчелна пита, който се намира до търбуха. Освен това съдържа голяма популация от микроорганизми, които помагат за разграждането на растителния материал.
* Омасум: Омазумът е трето стомашно отделение, което е отговорно за абсорбирането на вода и хранителни вещества от храносмилателния тракт. Той също така съдържа популация от микроорганизми, но не толкова много, колкото търбуха и ретикулума.
* Абомасум: Абомасумът е истинският стомах на кравата. Той отделя храносмилателни ензими, които разграждат протеини и мазнини. Не съдържа много микроорганизми.
* Черва: Червата са отговорни за усвояването на хранителни вещества от храносмилателния тракт. Те също така съдържат популация от микроорганизми, които помагат за разграждането на хранителните вещества и производството на витамини.
* Изпражнения: Изпражненията са отпадъчни продукти от храносмилането. Те съдържат голям брой микроорганизми, включително бактерии, гъбички и протозои.