Екологично влияние
Марикултурата може да навреди на околната среда чрез отпадъци от риби и неядена храна, унищожение на местообитания, разпространение на болести, конкуренция с диви риби за храна и ресурси, и натрупване на тежки метали и други токсини.
Вспъхвания на болести
Фермите за риби са уязвими на болести. Чести проблеми включват бактериални, вирусни, паразитарни и гъбични инфекции, които могат да причинят сериозни икономически загуби.
Избягвания
Избягани фермерски риби могат да се скръстват с диви популации, намалявайки генетичното разнообразие. Те също могат да конкурират с диви риби за храна и местообитание.
Високи производствени разходи
Създаването и управлението на марикултурно предприятие е скъпо. Разходите включват фурражи, оборудване, труд, разрешения и застраховки.
Пазарна конкуренция
Фермерски риби трябва да се състезават с диви улови. Тази конкуренция може да намали цените и да затрудни печалбата на марикултурните бизнеси.
Опасения за сигурността на храната
Някои фермерски риби могат да съдържат високи нива на замърсители като тежки метали или пестициди, които представляват риск за здравето на потребителите.