Един от основните въпроси, с отглеждане на риба е болест . Голям брой риби се отглеждат в затворени помещения . Рибата се разпространи болестта в цялата отглеждана населението и обикновено се лекува с антибиотици . Болестта наистина има голяма вероятност от разпространение на дивите популации , ако рибите са поставени в клетки в рамките на една дива среда. Това е особено често с фермата -рейзна сьомга в открити океански клетки , но също така се случва, когато люпилня отглеждани риби са умишлено въвежда в дива среда.
Evironmental Degredation
A голям брой рибовъдни стопанства са изградени върху земя. Масивни ферми за аквакултури са аквариумни среди, където всеки аспект на околната среда е изкуствено манипулирани, за да се насърчи бърз растеж на рибата. Голямото количество земя, необходими за фермите обикновено изисква отстраняване на собствена гора и растителност и унищожаване на местообитания за местните диви животни . Рибовъдните стопанства са разположени в близост до големи речни системи и океански среди и фермери цикъла на водата през фермата и обратно в океана. The рециклирана вода има потенциала да се разпространява болестта на местните популации.