Рибното фермерство е продуктивно за масово снабдяване, но фермите имат негативни ефекти върху околната среда и дивите популации. Рибното фермерство еcontroверсен въпрос по целия свят и изследването на ефектите от фермите е текущ проект с разбъркани резултати. Рибното фермерство използва разнообразие от методи, но отглеждането на риби в отворени океански клетки е най-популярното.
Болести
Един от основните проблеми с рибното фермерство са болестите. Голямо количество риби се отглеждат в тесни к्वартири. Рибите разпространяват болестите сред фермерската популация и обикновено се лекуват с антибиотици. Болестите имат голям шанс да се разпространят към дивите популации, ако рибите са в клетки в дива среда. Това е особено често при фермерски отглеждани лососи в отворени океански клетки, но се случва и когато инкубаторно отглеждани риби са намерено въвеждани в дива среда.
Екологично деградиране
Голямо число рибни ферми са изградени на суша. Масивните аквакултурни ферми са аквариумни среди, където всеки аспект на средата е изкуствено манипулиран за насърчаване на бърз растеж на рибите. Голямоброят необходима земя за фермите обикновено изисква премахване на местни гори и вегетация и унищожение на'habitat за местната дива природа. Рибните ферми са разположени близо до големи речни системи и океански среди и фермерите циклират водата през фермата и обратно в океана. Рециклираната вода има потенциал да разпространи болести към местните популации.
Загуба на места за нерестване
Рибите се отглеждат за удоволствието на рибари в много райони. Рибите се отглеждат в инкубатори и се пускат в диви реки, езера и океански среди с либерални лимити за улов. Не всички риби се улавят и много ще инфилтрират местата за нерестване на местните риби. Инфилтрацията води до намалено качество на гените при успешни нерестващи и редукция на потенциала за размножаване на дивите риби. Проблемът е особено ясен при северо-западните популации на магареци и лосос.
Замърсяване
Големите концентрации риби създават нездраво количество навойници и органичен продукт, който се въвежда в околната среда. Много от фермите също използват химикали за почистване на оборудването си. Те въвеждат химикалите в водата, която в крайна сметка се рециклира обратно в околната среда.