Лов и бракониерство: Филипинските елени се ловуват заради месото, кожата и рога си. Ловът на елени е популярно забавление във Филипините, а прилагането на регулациите за лов е слабо. Бракониерството също е основен проблем, тъй като елените често се убиват за продажба на местните пазари.
болест: Филипинските елени също са податливи на различни заболявания, въведени и ендемични. Една от най-сериозните заплахи е болестта на краката и устата, която може да причини тежки заболявания и дори смърт в елените.
Конкуренция с други видове: Филипинските елени също са изправени пред конкуренция за храна и ресурси от други видове, включително въведени видове елени като елените на Руса и елен Sika. Тези въведени видове могат да надминат филипинските елени за храна и местообитание, а също така могат да предават заболявания.
Филипинският елен е застрашен вид и популацията му намалява бързо. Освен ако не се предприемат ефективни мерки за опазване, вероятно ще изчезне в дивата природа.