Немските овчарки са предразложени към разнообразие от здравствени проблеми. Някои са дребни и лесно коректируеми, други могат да имат живот дълги последици или дори да са фатални. Разводчици и ветеринари работят за елиминиране на много от генетично обусловените заболявания, избирайки за размножение само здрави кучета.
Дисплазия на качъка и локтя
Дисплазията е състояние, при което краенът на костта не се вписва правилно в ставичен зглоб. При немски овчарки това често се среща в качъчните и локтените зглоби. Кучетата в крайна сметка пострадават от болка, възпаление и артрит на засегнатия зглоб. Дисплазията обикновено е генетична. Разводчиците работят за изкореняване на проблема от своите линии; над 15% от немските овчарки проявяват качъчна дисплазия.
Паностеитис
Тази болест се появява при лъчица, когато техните дълги кости растат твърде бързо. Това е болезнено за лъчицата, но те израстват проблема към около 18 месеца.
Задъх (Bloat)
Задъхът е спешен медицински проблем, предизвикан когато стомахът на кучето се завърти и заключи газ в абдомена. Бързото отдушване е болезнено и може да убие кучето, ако не се лекува веднага. Това състояние е остро, и кучета с абдоменален надуш, рвотни позиви или други знаци на гастричен дистрес трябва да бъдат превозвани веднага до ветеринарен лекар или в спешно отделение.
Епилепсия
Някои немски овчарки имат чести сулзи, охарактеризирани като епилепсия. Вероятно е генетична, макар че все още не е идентифициран конкретен ген. Могат да съществуват и екологични фактори, влияещи на развитието на епилепсията при предразложени кучета.
Дегенеративна миелопатия
Дегенеративната миелопатия при кучета е подобна на множествена склероза при хората. Характеризира се с прогресивно деградиране на нервната система. Започва в задните крака и прогресивно засяга все повече системи. В крайна сметка води до парализа.
Болест на фон Вилебранд
Тази krvна болест прилича на хемофилия при хората. Кучета с болест на фон Вилебранд липсват фактор за сверчване в кръвта и са предразложени към излишно кръвоизливане при наранявания.
Сърдечни болести
Немските овчарки, като всички големи породи, са предразложени към определени сърдечни състояния. Някои са по-чести при тях, което предполага генетична компонента. Те включват тесен аорта, аномална сърдечна клапана, аритмии и удебелен сърдечен мускул.
Перианални фистули
Това състояние се характеризира с рани около ануса на кучето. Може да доведе до кръвоизливане и лоши миризми, но не е фатално.