Птицата пинеална жлеза регулира няколко съществени биологични функции.
Циркадиен ритъм и фотопериодизъм
Жлезата помага за регулиране на циркадиалните ритми и реакциите към дължината на деня. Тя получава информация за дневната светлина през очите и настройва вътрешния часовник на тялото, за да координира физиологията с сезоните.
Производство на мелатонин
Една от ключовите ѝ роли е производството и секретирането на мелатонин, който регулира циклите на сън и бдъстване и се отделя в отговор на тъмнината.
Сезонно размножаване
При много видове пинеалната жлеза контролира репродуктивната активност въз основа на сезонни светлинни сигнали, влияейки на хормони като гонадотропин-освобождаващ хормон.
Миграция
Жлезата може да помага за обработка на екологични сигнали за миграция, включително небесна навигация и магнитни полета.
Специфичните функции могат да варират сред видовете, и изследванията върху птичята пинеална физиология продължават.