Всъщност черепахите не могат да дишат под вода в смисъла на вдишване/издишване на киселород. Но има начини да „абсорбират“ или вземат киселород чрез други средства освен белите дробове. Фактически има две други зони на тялото, където черепахата взема киселород. Абсорбцията на киселород чрез въздух зависи в голяма степен от състоянието на активност на черепахата.
Въздух чрез бели дробове
Като повечето наземни животни, черепахата има бели дробове за дишане. Когато активността нараства, нараства и нуждата от въздух. Черепахата, в зависимост от вида, може да задържа дишане дълго време под вода. Колко дълго може да задържа е директно пропорционално на активността и дали намира въздушни келия. Те могат да бъдат в малки пещери или под лед. Въпреки това, по време на зимуване някои видове не дишат изобщо.
Без дишане?
В някои изследвания черепахите практически не дишаха. Вместо това вземаха въздух чрез друга област на тялото и по други средства от традиционните бели дробове. Веднъж се смяташе, че черепахите дишат под вода, защото се виждаше движение на вода около устата. По-късно изследвания показаха, че въздухът всъщност се абсорбира чрез жъброподобни структури на гърба при някои черепахи и чрез кожата при гърлото при други. Движение на вода беше открито и край анален област, където също има абсорбция чрез две вроде мехури. Тези мехури, като гърлото, имат дребни капиларни късовини, които могат да абсорбират нужния киселород от водата.
Зимуване
Някои черепахи зимуват до 4 месеца без дишане или ядене под вода. Освен абсорбцията на въздух чрез двата края на тялото, системата на черепахата забавя. Хладнокръвната черепаха е сравнима с околната среда. Когато температурата пада, тя се охлажда. Сърцето може да забави до 5–10 удара в минута. Потребата от киселород/храна намалява. Студената вода не само понижава телесната температура, но и задържа повече киселород, който черепахата абсорбира.
Депривация от киселород
Черепахите, като другите организми, имат нужда от киселород. Могат да стоят без въздух за кратки периоди. Липсата на въздух причинява „анаеробно дишане“ — тялото ползва киселород като енергия. Това причинява млечен киселин в тялото, който може да бъде отровен, дори за черепахата. Но по време на зимуване част от раковината се абсорбира в кръвотока в форма на калций, което нейтрализира млечната киселина, позволявайки на черепахата да стои по-дълго без въздух и тялото да функционира.
Ограничения на черепахата
Черепахата все още има нужда от киселород по време на зимуване. Две неща могат да я убият: липса на киселород заради стагнало водно тяло или пълно измръзване на водата. По-добре се чувства в езеро/река с постоянно течене на вода независимо от температурата за принос на sveж киселород. Очевидно, ако водата измръзне, черепахата буквално измръзва до смърт като всеки друг организъм.