Потенциални естествени хищници на жаванския носорог включват тигри, леопарди, крокодили, мечки и хиени. Въпреки това, човешките заплахи са далеч по-значими. Жавански носороси се ловят за месо, кожа и рогове, използвани в традиционна медицина. Загуба на обитание от дървосека, земеделие и развитие премахва техните тропически дъждливи гори. Бракониерството за рогове, продавани на черния пазар, остава критична опасност.
Жаванският носорог е един от най-застрашените видове в света, с само около 67 представители, пресметнати да остават в природата.