Плодните летни мишки, или летни лисици, имат различни естествени хищници в зависимост от вида и местоположението.
Птици-хищници
Ястреби, бухали и соколи са известни да ловят плодни летни мишки.
Бозайници
Домашни и диви котки, кучета, змии и маймуни могат да ядат летни мишки, особено млади или ранети.
Други хищници
Крокодили могат да уловят летни мишки, почиващи близо до вода.
Големи риби като барракуда могат да ловят летни мишки, летящи над вода.
Хора
Лов за храна или медицина и загуба на habitat чрез изрубяване също заплашват плодните летни мишки.
Конкретните хищници варират според географското местоположение, habitat и наличността на дич.