1. Загуба на хабитат: Тонганският гущер обитава предимно местните горски екосистеми в рамките на „Eua и Tongatapu“. За съжаление, тези горски местообитания са широко изсечени за селско стопанство, дърводобив и човешки селища. Загубата на подходящи местообитания значително намали обхвата на гущера и размера на популацията.
2. Хищничество от инвазивни видове: Инвазивни видове, като диви котки, плъхове и мангусти, са въведени на островите Тонга и представляват сериозна заплаха за тонганския гущер. Тези инвазивни хищници имат висока репродуктивна скорост и са много ефективни при лов и консумация на гущер, което води до намаляване на популацията.
3. Промяна на климата: Тонга, подобно на други тихоокеански острови, е силно уязвима от изменението на климата и покачването на морското равнище. Промените в моделите на температурата и валежите засягат местообитанието и хранителните ресурси на гущера. Повишаването на морското равнище може също така да наводни ниско разположени крайбрежни местообитания, което допълнително намалява достъпния обхват на гущера.
4. Ограничен обхват: Тонганският гущер е географски ограничен до два малки острова в Тонга, което го прави уязвим към генетични проблеми като инбридинг и липса на генетично разнообразие. Тясното разпределение също така увеличава податливостта към локализирани заплахи, като загуба на местообитание или едно катастрофално събитие, което може да унищожи голяма част от популацията.
5. Лов и експлоатация: Тонганският гущер е бил преследван от местните жители за храна и традиционна медицина, което е допринесло за намаляването на популацията. В някои случаи гущерът също е бил заловен за търговия с домашни любимци, което допълнително намалява броя му.
Комбинацията от загуба на местообитания, инвазивни видове, изменение на климата, ограничен ареал и лов е довела до сериозен спад в популацията на тонганския гущер. Усилията за опазване, като възстановяване на местообитанията, контрол на хищниците, обществена осведоменост и програми за размножаване в плен, са от решаващо значение за запазването на останалите популации на този критично застрашен вид.