Думата „хипопотам“ идва от гръцките думи „хипос“ (кон) и „потамос“ (река).
Тъй като, буквално, „хипопотам“ означава „речен кон“. Това име отразява биотопа на животното, тъй като хипопотамите са полуводни бозайници, които прекарват повечето от времето си в или край реки и езера.