Има обаче два подвида:
* hippopotamus amphibius amphibius: Това е номинираният подвид и се намира в по-голямата част от гамата на Хипото в Африка на Субсахара.
* hippopotamus amphibius kiboko: Този подвидове се намира на запад от обхвата на вида, предимно в Западна Африка.
Важно е да се отбележи, че тези два подвида са много сходни и разликите между тях са фини. Някои твърдят, че изобщо не са различни подвид, а по -скоро популации в рамките на един вид.
Има и pygmy hippopotamus (choeropsis liberiensis) , който е отделен вид изцяло и много по -малък от обикновения хипопотам. Те се намират в горите на Либерия и Сиера Леоне.
И така, докато има различни популации и подвидове на хипопота, има само един истински вид хипопотам: hippopotamus amphibius.