Съществува само един вид хипопотам: Hippopotamus amphibius, известен като обикновен хипопотам или просто хипопотам.
Въпреки това, има две подвида:
- Hippopotamus amphibius amphibius: Намерен през повечето от ареала на хипопотама в субекваториална Африка
- Hippopotamus amphibius kiboko: Намерен предимно в Западна Африка
Съществува също така пигмейски хипопотам (Choeropsis liberiensis), който е съвсем различен вид и много по-малък. Те са намерени в горите на Либерия и Сиера Леоне.
Така че, макар че има различни популации и подвидове, има само един истински вид хипопотам: Hippopotamus amphibius.