Микроорганизмите са от съществено значение за здравето на езерната екосистема:
- Цикъл на хранителните вещества: Те разлагат органично веще и отделят азот и фосфор за растенията.
- Декомпозиция: Разлагат мъртво материя и предотвратяват натрупването на органични остатъци.
- Производство на кислород: Фотосинтетичните бактерии и цианобактерии произвеждат кислород, жизнен за водните организми.
- Разграждане на замърсители: Разлагат токсични химикали до по-малко вредни вещества.
- Хранителен източник: Хранят зоопланктон, дребни риби и насекоми, образувайки основата на хранителната верига.
- Индикатори за качеството на водата: Наличието и обилството им отразява здравето на езерото.