Мрачната водна кокошница се сблъсква с заплахи от разнообразни хищници във влажните сиобитания. Сред най-значимите са:
Хищни птици
Хищни птици, включващи ястреби и орли, ловят водни кокошници от въздуха и могат да хванат и възрастни, и птенета.
Змии
Различни видове змии ловят яйца, птенета и понякога възрастни птици близо до водната ръба.
Диви котки
Тези въведени хищници са особено опасни за птици, гнездещи на земята, и техните млади.
Ермине и невестулки
Малки, но ловки кунари, които могат да набедят гнезда и да убият уязвими птенета.
Кучета и динго
И домашни, и диви псови могат да ловят водни кокошници, когато те се aventурват близо до бреговете.
Лисици
Опортунистични хищници, които насочват водни кокошници, яйца и птенета в влажни зони.