Загуба на биотоп
Изрязването на гори унищожава дъждливи гори, савани и влажни зони, където живяят ягуари, елиминирайки ловни земи, укрития и райони за размножаване.
Намален добыв
Изчистване на биотоп намалява популациите на елени, тапири, пекари и друг добыв, оставяйки ягуари без достатъчно храна.
Фрагментация
Изолирани гора парчета пречат на движение, съплътняване и генетично разнообразие, водейки до инбрийдинг и по-нисък репродуктивен успех.
Човешки конфликт
Когато биотопът се смалява, ягуари се приближават до човешки селища за храна, увеличавайки конфликти и убивания за защита на добитък.
Намален ареал
По-малки ареали ограничават способността на ягуарите да регулират популации на добыв и да разпръскат семена, засягайки цели екосистеми.
Браконьерство
Изрязване на гори прави ягуарови биотопи по-достъпни за ловци, насочени към козина, зъби и други части от тялото.