Зоофлагелатите се хранват по няколко начина, в зависимост от конкретния вид:
Това е най-честият метод. Зоофлагелатите използват флагелите си, за да създадат течения, които притеглят хранни частици към тях. След това те поглъщат хранните частици, използвайки клетъчната си мембрана, образувайки хранителна вакуола в техния цитоплазма.
Някои зоофлагелати могат да поглъщат по-голяма добыв, като бактерии или други протисти, чрез процес, наречен цитофагия.
* Някои зоофлагелати могат да абсорбират разтворени hranителни вещества директно от средата си. Това е особено често срещано при зоофлагелати, които живяват в hranително-богати среди, като червеите на животни.
* Много зоофлагелати са микстрофични, което означава, че могат да използват и фаготрофия, и осмотрофия за получаване на hranителни вещества. Например, някои зоофлагелати могат да поглъщат добыв, но също имат хлоропласти, които им позволяват да извършват фотосинтеза.
* Някои зоофлагелати имат симбиотични отношения с други организми. Например, зоофлагелатът живява в червея на термитите и им помага да преварят дърво, като разлага целулозата.
Този зоофлагелат е паразитен и се хранва с кръвта на своя гостоприемник.
Този зоофлагелат също е паразитен и живява в червеите на животни. Абсорбира hranителни вещества от червея на гостоприемника.
Този зоофлагелат е микстрофичен и може както да поглъща добыв, така и да извършва фотосинтеза.
Общо взето, зоофлагелатите имат разнообразни стратегии за хране, позволявайки им да просперират в широк набор от среди.