Етноботаниката има някои недостатъци:
- Непълна или неточна информация: устни традиции могат да се изкривят или загубят с времето.
- Културна чувствителност и експлоатация: изследванията могат да се провеждат без съответно съгласие на общността или споделяне на ползи.
- Ограничен обхват: резултатите от специфични общности може да не се обобщават за други региони.
- Консервационни предизвикателства: неотговорни практики могат да доведат до прекомерно събиране на растения.
- Етични соображения: въпроси около информирано съгласие, интелектуална собственост и споделяне на ползи трябва да се управляват внимателно.
Въпреки тези предизвикателства, етноботаниката остава ценна, когато се подхожда етично и с уважение.