Тъй като кокошките са стайни птици и се отглеждат за месо и яйца, заразните болести са реален проблем за фермерите. Те могат да се разпространят през стадото и да убият птиците или да ги направят неподходящи за хранително производство.
Инфекциозен брохит
Инфекциозният брохит е респираторно заболяване, специфично само за кокошки. Според Американската птицевъдска асоциация, това е най-заразната птицевъдска болест. Превентиране чрез ваксина.
Ларинготрахеит
Ларинготрахеитът е вирусен респираторен вирус, засягащ предимно зрели кокошки. Кокошките, излекувани от него, стават носители на вируса.
Нюкаслска болест
Нюкаслската болест е бързо се разпространяващ вирусен респираторен вирус, много фатален за млади пилца. Бозайници и хора също са уязвими.
Микоплазма Галисептикъм
Микоплазма Галисептикъм е вирусен респираторен вирус, засягащ предимно млади птици. Излекуваните стават носители.
Пилешки тиф
Пилешкият тиф е бактериално заболяване, различно от тифа у хора. Възниква предимно при млади кокошки на 12 седмици или повече.
Пилешка оспа
Пилешката оспа е един от най-ранно разпознатите вирусни вируси у домашните птици. Идентифицирана като вирус през 1902 г.