Като цяло плодовите прилепи проявяват полигиния, в която мъжете се чифтосват с множество жени. Женските раждат единично кученце след период на бременност, който обикновено трае няколко месеца. Меченцата се раждат със затворени очи и зависят от майка си за храна и грижи. Те се научават да летят и да се хранят сами в рамките на няколко месеца и да достигнат сексуална зрялост на около една година.
Някои видове плодова прилеп, като плодовата плодова прилеп (Eidolon Helvum), проявяват синхронизирано развъждане, при което голям брой индивиди раждат едновременно. Смята се, че това е адаптация за намаляване на риска от хищничество върху бременни жени и млади кученца.