Сезонът за размножаване на плодоядни прилепи варира в зависимост от вида и географското местоположение. Например, в Индия, индианският летящ лисица се размножава от март до май, докато по-големият късоносен плодояден прилеп се размножава от август до ноември.
Общо взето, плодоядните прилепи проявяват полигиния, при която самците се пазят с множество самки. Женките обикновено раждат едно бебе след зачернителен период, който трае няколко месеца. Новоородените бебета са родени с затворени очи и зависят напълно от майка си за храна и грижа. В рамките на няколко месеца те учат да летят и да добиват независимо, достигайки полова зрялост на около една година възраст.
Някои видове, като сламатоцветният плодояден прилеп, проявяват синхронизирано размножаване, при което голям брой самки раждат едновременно. Счита се, че това е адаптация, която намалява риска от хищничество на бременни самки и млади бебета.