Застрашените видове, които сега се срещат само в зоологическите градини, често произхождат от малки, изолирани популации, които са били намалени до критично нисък брой поради различни фактори като загуба на местообитания, лов и свръхексплоатация. Когато тези видове бъдат въведени в зоологически градини с цел опазване и размножаване, те могат да носят само малка част от генетичното разнообразие, което съществува в дивата популация.
Тъй като тези видове се възпроизвеждат в плен, ограничената генетична вариация се концентрира допълнително, което води до загуба на алели и намалено генетично разнообразие. С течение на времето това може да има пагубно въздействие върху способността на видовете да се адаптират към променящите се условия на околната среда и повишената чувствителност към болести, което ги прави по-уязвими към изчезване.
За смекчаване на ефекта от ефекта на основателя и запазване на генетичното разнообразие, програмите за опазване в зоологическите градини често прилагат стратегии като селективно размножаване, управление на популацията и генетично спасяване. Тези мерки имат за цел да въведат нов генетичен материал в популациите в плен, да поддържат генетичното разнообразие и да намалят риска от инбридинг депресия и други генетични проблеми, които могат да възникнат от ниска генетична вариация.