Птиците са от клас Aves , характеризиращ се с пера, човки и крила, докато прилепите са от разред Chiroptera, в рамките на клас Mammalia . Прилепите са единствените бозайници с двигателен полет.
Прилепите и птиците имат общ прародител , наречен Synapsid, който е съществувал преди около 300 милиона години. От този общ предшественик се отделиха два клона:синапсидите, които еволюираха в бозайници, и сауропсидите, които дадоха начало на влечуги и птици.
Въпреки че може да са имали общ прародител, прилепите и птиците са развили значителни разлики в тяхната анатомия, физиология и поведение в продължение на милиони години.