Прилепите и птиците не са тъй тесно сродни. И двете са позвоночници и амниоти, но по-нататък са доста различини.
Птиците са в клас Aves, охарактеризирани с пера, клюнове и крила. Прилепите са в ред Chiroptera в клас Mammalia и са единствените бозайници, способни на двигателен полет.
Прилепите и птиците споделят далечен общ предшественик, наречен Синапсид, който съществувал преди около 300 милиона години. От този предшественик са изникнали две клона: синапсидите, които са дали началото на бозайниците, и сауропсидите, които са дали началото на пресмякащите се и птиците.
За милиони години прилепите и птиците са еволюционирали с значителни разлики в анатомията, физиологията и поведението.