Най-голямата заплаха за западните езерни костенурки е унищожаването на техните местообитания. С нарастването на човешките популации все повече земя се разработва за домове, бизнес и земеделие. Това развитие често унищожава или деградира местообитанието на костенурките, което затруднява оцеляването им.
Замърсяване
Замърсяването също може да навреди на западните блатарни костенурки. Пестицидите и други химикали могат да замърсят техните водни запаси, да ги разболеят или дори да ги убият. Замърсяването може също така да навреди на източниците им на храна, затруднявайки намирането на достатъчно храна.
Хищничество
Западните блатарни костенурки са плячка на различни животни, включително риби, птици, змии и бозайници. Докато хищничеството е естествена част от екосистемата, загубата на местообитание и други заплахи са направили западните блатарни костенурки по-уязвими на хищничество.
Промяна на климата
Изменението на климата също е основна заплаха за западните блатарни костенурки. Със затоплянето на климата местообитанието им става все по-сухо и по-малко подходящо за живеене. Това може да затрудни намирането на храна и подслон и може също така да увеличи податливостта им към болести.
Инвазивни видове
Инвазивните видове са друга заплаха за западните езерни костенурки. Тези видове, които не са местни за местообитанията на костенурките, могат да ги изпреварят за храна и ресурси, а също така могат да разпространяват болести. Някои инвазивни видове, като жаби бикове и червеноухи плъзгачи, също са хищници на западните блатарни костенурки.