- Загуба на хабитат :Основното местообитание на заека пигмей е степ с пелин и хвойнова гора, които бързо се превръщат в селскостопанско и жилищно застрояване. Тази загуба на местообитание е фрагментирала популацията на малкия заек, правейки го по-уязвим на хищничество и болести.
- Хищничество :Малките зайци са плячка на различни хищници, включително койоти, лисици, язовци и хищни птици. Тъй като местообитанието на малкия заек е фрагментирано, става по-лесно за хищниците да имат достъп до тях и да ги убиват.
- Конкуренция :Малките зайци се конкурират с други дребни бозайници, като пика и полевки, за храна и подслон. Това състезание може да ограничи способността на малкия заек да оцелее и да се възпроизвежда.
- Болест :Малките зайци са податливи на различни заболявания, включително туларемия, чума и кокцидиоза. Тези заболявания могат да се разпространят бързо сред населението, причинявайки широко разпространена смъртност.
- Промяна на климата :Изменението на климата също е заплаха за малкия заек. Предвижда се степта с пелин и хвойновите гори да изпитат повишени температури и намалени валежи, което ще затрудни оцеляването на малкия заек.
Поради тези заплахи малкият заек се смята за един от най-застрашените бозайници в Северна Америка. Полагат се усилия за опазване на малкия заек и неговото местообитание, включително възстановяване на местообитанията, контрол на хищниците и управление на болестите.