Природни хищници
Летящите лисици са уязвими на птици-хищници като орли, ястреби и сови, особено младите или ранени. Змии като питоните могат да ги засадят в колоните. Маймуни, диви котки като леопарди и тигри, а също така домашни или диви кучета също могат да ловят.
Антропогенни заплахи
Хората ловят летящи лисици за храна в някои региони, а загубата на жилище от изсечване на гори и изграждане унищожава техните места за почивка и намиране на храна.
Защита
Летящите лисици са нощни, почиват в големи колонии за защита и могат да избягат хищници с бърз, ловък полет.