Рафлезия е заплашена за няколко причини:
- Загуба на жилище: Изрубване за дървосека, земеделие и развитие унищожава нейната дъждлива гора жилище.
- Нелегално събиране и търговия: Уникалните цветя са браконирани за сувенири и търговия.
- Намалени опилватели: Намаляване на мухопасните популации пречи на опилване и размножаване.
- Климатични промени: Промененото време засяга хост растенията и жизнения цикъл на растението.