Лемурите се сблъскват с няколко природни хищници в своите родни местаобитания. Фосата, месояден бозайник, ендемичен за Мадагаскар, е най-висок хищник, способен да свали дори големи лемури. Птиците-грабители като ястреби, орли и бухали ловят лемури, използвайки острите си нокти и клюни. Няколко вида змии, включително бои и питони, също преследват лемури, удушвайки ги.
Введени домашни животни като котки и кучета могат да гонят и убиват лемури. Хората остават една от най-големите заплахи чрез лов за длъб, месо и медицина, както и унищожение на местаобитания от дървосечене, миниране и земеделие.