Подстилката е това, което се намира на дъното на всяко аквариум и служи на няколко различни цели: може да бъде естетична, давайки на аквариума естествен (или декоративен) вид, или да бъде практична, предоставяйки пространство за развитие на полезни бактерии, повишавайки pH на водата или улавяйки нечистотии и други вредни частици. Има по същество три вида аквариумни подстилки за соленоводно аквариум, всеки със своите предимства.
Щавели
Щавелите са една от най-честите подстилки за повечето пресноводни аквариуми, въпреки че рядко се виждат в соленоводни аквариуми. Щавелите, които са по същност малки камешки, подобни на тези, виждани на дъното на реки, потъци или потоци, трябва да се използват само в соленоводни аквариуми само с риби, съдържащи устойчиви соленоводни риби като клъунови или дамсел риби. Щавелите добавят много малко химическа полза на аквариумната вода, освен че предоставят място за развитие на полезни бактерии. Те не повишават pH и не предоставят дом за малки копеподи, необходими в по-напреднали рифови аквариуми.
Арагонитен пясък
Арагонитният пясък се продава често като "рифов пясък" и идва в няколко различни вариетати, които се различават главно по размер, при което някои арагонитни пясъци са пясъчни и прахови (захарно-големи пясъци), а други са по-груби. Арагонитният пясък има предимството да предоставя пространство за размножаване на копеподи, които могат да хранят по-избирателните обитатели на вашето соленоводно аквариум. По-фин пясък трябва да се използва, ако планирате да напълните аквариума с животни, прозящи пясък, като гобии, морски звезди или скати, докато по-груб пясък трябва да се използва със средни и горни обитатели.
Начукан корал
Начуканият корал е една от най-честите соленоводни аквариумни подстилки и е съставен от начуканите останки на давно умрели корал. Тази подстилка идва в разнообразие от различни цветове, някои от които могат да бъдат много ярки като червен или зелен, докато други могат да са по-естествени. Начуканият корал има допълнително предимство да повишава pH на водата, тъй като необходим параметър за повечето соленоводни животни е pH от 8,1-8,5, много по-висок от стандартните 7,0, намерени в повечето пресноводни аквариуми.