Алгалните цветения могат да нанесат щета на водните екосистеми по няколко начина:
- Истощване на кислород: Водорослите блокират слънчевата светлина, намаляват фотосинтеза и понижават нивата на кислород, което може да удуши риби и други организми.
- Производство на токсини: Някои водоросли отделят токсини, които навредят на нервната система, черния дроб и дихателните органи на водните животни и могат да се натрупват в хранителната верига.
- Нарушаване на обитание: Повърхностните водоросли блокират светлината и променят обитанията, засягайки подводни растения и видовете, които зависят от тях.
- Влияне на хранителната верига: Внезапното изобилство на водоросли може да превъзмогне първичните консуматори, намалявайки храна за по-големи риби, птици и бозайници.
- Влошаване на качеството на водата: Разлагащите се водоросли увеличават биологичното налягане за кислород, по-нататьк понижавайки кислорода и създавайки вредни цикли.
Управлението на цветенията изисква намаляване на хранителни вещества, подобрено управление на водите и понякога биоремедиационни техники.