Морските лампреи имат няколко естествени хищници в екосистемите, които населяват. Хищни риби, които се хранят с тях, включват езерни петруди, бели риби, северни щуки, маскелънжи и сазъни.
Птиците също ловят морски лампреи. Чайки, стъркелове и корморани са известни, че улавят и ядат тях, особено в mělководни води или по време на миграции за парене.
Освен хищници, морските лампреи се засягат от различни паразити и болести, които могат да влияят на тяхното здраве и оцеляване.