Нойнският морски конек е застрашен поради:
- Пребърсване: улавя се като придобив без видово-специфични регулации.
- Деградация на жилище: брегова градоустройба, замърсяване и промяна на манглови унищожават места за размножаване.
- Бавно размножаване: самците носят яйца, и смущения по време на тази фаза намаляват успеха.
- Акуариумна търговия: неустойчиво събиране изтощава дивите популации.
- Климатични промени: по-топли морета и закисляване засягат жилища и добыв.
- Ограничено разпространение: малък ареал по южния бряг на Южна Африка увеличава уязвимостта.