Балоновите кити са на върха на хранителната верига и нямат естествени хищници, които редовно ловят здрави възрастни индивидуали. Въпреки това, орките (убийци китове) са известни с това, че ловят млади, болни или наранени балонови кити, особено сиви китове.
Хората са най-голямата заплаха чрез лов, прилов в риболовни неволи и унищожение на среда обитания. Паразитите също могат да повлияят на здравето на китовете. Докато балоновите кити нямат традиционни хищници, те остават уязвими на тези опасности.