Застрашени видове
Няколко животни вида в Национален парк Секуойя са федерално изброени като застрашени, включително южния סיера Невада рис, סיера Невада лисица и калифорнийски кондор.
Уязвими видове
Паркът е дом и на уязвими видове като по-голямата пипковица и западната жълтоклюна кукувица.
Сиера Невада лисица
Един от най-харизматичните застрашени видове в парка, Сиера Невада лисицата е приспособена за високопланински гора и се опира на плътна растителност за укритие и отглеждане на млади. Загуба и фрагментиране на средата от дървосека, развитие и подтискане на пожари са допринесли за нейния спад. Днес се оценява, че остават по-малко от 500 индивида.
Калифорнийски кондор
Калифорнийският кондор, най-голямата летяща наземна птица в Северна Америка с размах на крилата до 9 фута, е друг застрашен вид в парка. Веднъж деклариран за изчезнал в дива природа през 1980-те, кондорите са реинтродуцирани чрез успешна програма за размножаване в неволя. В момента над 500 живят в дива природа.
Усилия за защита
Национален парк Секуойя работи с УС Fish and Wildlife Service, Калифорнийското управление за риби и диви животни и запазенически организации за мониторинг и защита на тези видове. Мерките включват възстановяване на средите, контрол на инвазивни видове, намаляване на човешко-животни конфликти и обществено образование.