Загуба и фрагментация на местообитания :Ягуарите се нуждаят от обширни територии и разнообразни местообитания за оцеляване. За съжаление техните естествени местообитания бързо се губят и фрагментират поради обезлесяването, разширяването на селското стопанство, развитието на инфраструктурата и растежа на градовете. Това не само намалява наличното пространство за бродене на ягуарите, но също така нарушава моделите им на размножаване, хранене и миграция.
Конфликт между хора и диви животни :Тъй като човешките селища се разширяват в местообитания на ягуари, възникват конфликти, когато ягуарите нападат добитък. Това може да доведе до отмъщение от фермери и животновъди, което да доведе до убийството на ягуари. Освен това ягуарите могат да бъдат убити, ако представляват предполагаема заплаха за безопасността на хората или се възприемат като неудобство.
Промяна на климата :Ефектите от изменението на климата, като променени модели на валежи, повишаващи се температури и повишена честота на екстремни метеорологични явления, оказват влияние върху местообитанията на ягуарите и популациите на плячка. Тези промени нарушават екосистемата и правят по-трудно оцеляването и успешното размножаване на ягуарите.
Ограничено генетично разнообразие :Ягуарите имат относително ниско генетично разнообразие в сравнение с други видове големи котки. Това ги прави по-уязвими към въздействието на загуба на местообитания, лов и други фактори, които могат да нарушат техните популации. Ниското генетично разнообразие може да намали способността на видовете да се адаптират към промените в околната среда и да увеличи риска от кръвосмешение.