Ягуарите намаляват заради нелегален лов заради техните кожи и части от тялото, които са ценни на черния пазар. Загуба и фрагментация на обитанието от вырубка на гори, земеделие, инфраструктура и урбанен растеж намаляват пространството, необходимо на ягуарите за скитане, и нарушават моделите на размножаване и хранене.
Човешко-животински конфликт също играе роля, тъй като ягуари, които ловят добитък, могат да бъдат убити от фермери и фармери. Климатичните промени променят обитания и достъпност на добыв, докато относително ниското генетично разнообразие прави ягуарите по-уязвими на болести и екологични промени.