Естествени хищници накойоти
Въпреки чекойотите са връхови хищници в много райони, те имат естествени врагове.
Хищници
По-големи месоядни като вълци, планински лъвове, мечки и алigatorи могат да ловяткойоти. Рисове и големи птици-хищници могат да насочат по-млади или по-слаби индивидi.
Болести и конкуренция също засягат популациите накойоти, макар хищничеството да не е честo.