Черноногият фрет е облегал месояден, т.е. трябва да яде месо за да преживее. Неговият основен хранителен източник са млади прерийски кучета, но може да яде и други малки животни като земни суслици, джобни глезли, кенгурушки плъхове и мишки. Защото черноногите фрети ловят, влизайки в норите на прерийските кучета, техната диета силно зависи от местоположението и наличността на прерийските кучета.