Пантанал е дом на разнообразни птици, включително:
* Хиацинтов ара
* Алена ара
* Голяма чапла
* Щъркел Джабиру
* Розова лопатарка
* Зеленокрил ара
* Токо тукан
* бразилски рибар
* Гребен патица
Бозайници
Много различни бозайници могат да бъдат намерени в Пантанал, като например:
* Гигантски броненосец
* Гривист вълк
* Пекари Чако
* Пампасски елен
* Ягуар
* Оцелот
* Северна тигрова котка
* Блатен елен
* Капибара
Влечуги и земноводни
Разнообразие от влечуги и земноводни също обитават Пантанал, включително:
* Зелена анаконда
* Черен кайман
* Кайман Yacare
* Очилат кайман
* Бразилска гигантска костенурка
* Червенонога костенурка
* Обикновена щракаща костенурка
* Златна отровна жаба
* Червеноока дървесна жаба
Риба
Пантанал е дом на над 260 вида риби, включително:
* Червенокоремна пираня
* Черна пираня
* Паяра
* Арапайма
* Тамбаки
* Паку
* Сом
* Харацини
* Цихлиди