Уакарият е застрашен преимуществено поради изрязването на горите в Амазонския дъждовен гора от дърводобив, земеделие, стокарство, миниране и разширяване на селища. Загубата на habitat фрагментира и изолира популациите, намалявайки генетичното разнообразие. Те също се ловят за храна и за екзотичния търговски пазар за любимци поради техния характерен червен или портокалов длъбчин. Климатичните промени променят валежите и растителността, засягайки източниците на храна. Допълнителни заплахи включват болести, фрагментация на habitat от пътища и замърсяване от миниране и земеделие.